Mpox : les particularités génétiques d’un virus engagé dans un « combat avec l’homme »

A l’été 1958, une épidémie d’infections cutanées ressemblant à la variole survient chez des singes macaques du Statens Serum Institut de Copenhague utilisés pour la recherche sur la poliomyélite et la fabrication d’un vaccin. Les analyses révèlent l’existence d’un nouveau virus du genre orthopox de la famille des poxvirus, apparenté à celui de la variole humaine. On le nomme alors « virus de la variole du singe ». Dans les années suivantes, il provoquera d’autres épidémies chez des primates dans différents instituts de recherche en France, aux Etats-Unis et aux Pays-Bas, sans que son origine puisse être retracée.

Son nom trompeur révèle une de ses caractéristiques. Il s’agit d’un virus zoonotique capable d’infecter plusieurs espèces animales, dont le rat de Gambie, le funisciure rayé et l’héliosciure à pattes rousses, des espèces de rongeurs arboricoles africains qui pourraient en constituer le réservoir. L’infection du singe ne serait qu’occasionnelle.

Le virus de la variole du singe, rebaptisé mpox en 2022, est un virus à ADN, ce qui le distingue d’emblée des virus à ARN comme le SARS-CoV-2 (responsable du Covid-19), le virus de la grippe ou le VIH par la lenteur de son évolution, avec un taux de mutation de l’ordre de mille fois inférieur. Il en existe deux branches, ou clades 1 et 2, présentes respectivement en Afrique centrale et en Afrique de l’Ouest dont la composition des génomes varie de 4 % à 5 %. Ils auraient divergé il y a cinq cent soixante ans, une période de changement climatique qui pourrait avoir affecté la géographie des forêts tropicales.

Des circulations concomitantes

Le virus monkeypox se distingue également par sa taille. Son génome d’environ 200 000 paires de bases contient les gènes d’environ deux cents protéines, contre seulement dix pour le VIH. Certaines sont connues grâce aux études menées sur le virus de la vaccine, utilisé jusqu’en 1980 dans le vaccin contre la variole. Elles servent à la multiplication du génome viral dans les cellules infectées et à la construction des particules virales. D’autres sont accessoires et sont présentes en nombre variable (67 dans le virus monkeypox contre 53 à 55 dans le virus de la variole). Leur rôle est mal connu, mais elles semblent importantes pour l’interaction entre le virus et ses hôtes.

« Quand le virus de la variole s’est adapté à l’espèce humaine depuis son réservoir animal, il a perdu de nombreux gènes accessoires. C’est un processus complexe et mal compris et les questions restent ouvertes concernant leur rôle dans la modulation de la réponse immunitaire et dans le spectre des espèces que les virus peuvent infecter, avertit Alex Sigal, de l’Institut de recherche sanitaire sud-africain, situé à Durban. Mais ils semblent importants pour l’affinité pour un hôte donné. Ce n’est pas comme avec le SARS-Cov-2, où cette affinité dépend beaucoup du récepteur. Ces virus sont plus complexes. »

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