Arnaud Fontanet, épidémiologiste : « 20 millions de vies ont été sauvées grâce à la vaccination contre le Covid-19 »

Début 2020, une étrange épidémie virale, apparue en novembre 2019 à Wuhan, en Chine, se propage à travers le monde. Le 26 février, un premier patient français meurt dans l’Oise du Covid-19, cette maladie infectieuse respiratoire causée par le SARS-CoV-2, le virus responsable de la maladie. Rapidement, une lame de fond va saturer les hôpitaux, mettre à genoux l’économie et placer les dirigeants et les scientifiques du monde entier face à une crise inédite.

Avons-nous retenu les leçons de cette crise ? Le professeur Arnaud Fontanet, médecin épidémiologiste des maladies émergentes à l’Institut Pasteur et chercheur, titulaire de la chaire Santé publique au Collège de France, professeur au Conservatoire national des arts et métiers et membre du conseil scientifique mis en place pour la gestion de la pandémie de Covid-19 en France, a répondu à vos questions, mercredi 26 février, lors d’un tchat.

Nadia Y. : N’aurait-il pas été mieux d’éviter le confinement et ainsi obtenir les bons résultats de certains pays comme la Suède ?

Yasmine N. : Aurait-on dû imiter la Suède car ses résultats sont certes nuancés, mais ils n’ont pas confiné ?

Pour nous, le bon élève a été plutôt le Danemark. On pourrait citer aussi la Norvège ou la Finlande. Ce qui les caractérise, c’est d’avoir pris des mesures très tôt. Le 11 mars, Mette Frederiksen, la première ministre du Danemark, s’adresse à la population à la télévision : « Nous avons dix patients hospitalisés. C’est peu, mais nous avons vu ce qui s’est passé en Italie. A partir de demain, je vais vous demander de rester à la maison pour ceux qui peuvent le faire et vous mettre en télétravail. Nous allons aussi fermer les écoles, et aussi des lieux publics, comme les bars et les restaurants. Vous pouvez sortir de chez vous, mais vous devez éviter les rassemblements. »

Dans les jours qui suivent, les hôpitaux danois se remplissent (les patients infectés avant ces mesures), mais à partir de la fin mars, le pic est atteint, à un niveau très inférieur de ce que les pays les plus touchés en Europe ont connu. Et le 15 avril, les premières mesures sont levées. Ce qui a été très important, c’est la précocité des mesures.

Pour la Suède, l’approche est la même : compter sur la responsabilité collective de la population, mais le choix des mesures est un peu différent. Ils ont laissé les écoles ouvertes, les bars et les restaurants également. L’idée est de confiner seulement la population des plus de 70 ans. Malheureusement, ces derniers ne pourront pas être suffisamment protégés, alors que le virus circule en population générale. Le bilan de la première vague en Suède a été mauvais : l’excès de mortalité y est 80 % supérieur à celui de la France.

Une commission d’enquête indépendante est créée, très critique des résultats du pays comparé à ses voisins scandinaves qui n’ont pas connu d’excès de mortalité pendant cette période. A la fin décembre, le roi et le premier ministre reconnaissent, à la télévision, la mauvaise gestion de la crise cette première année, et le gouvernement annonce un durcissement des mesures. Les résultats ne se font pas attendre : la Suède se vaccine très bien et ses résultats seront très bons sur la fin de la pandémie.

Remz : Avec les avancées au niveau des vaccins, est-on aujourd’hui capable d’apporter une réponse vaccinale très rapidement à une potentielle nouvelle souche de virus ?

Tout dépend du virus. On sait faire des vaccins contre la grippe, et maintenant contre les coronavirus. On peut donc espérer mettre au point un vaccin rapidement contre des pandémies liées à ces virus. Mais il ne faut pas oublier qu’il faudra ensuite tester ces vaccins chez l’homme, même si ces tests peuvent aller plus vite quand ce sont des vaccins déjà utilisés dans le passé, et surtout les produire en quantité suffisante. On parle de milliards de doses s’il faut protéger la planète, et cela prendra plusieurs mois. Il faudra donc de toute façon gérer une première vague, et les leçons de la pandémie de Covid-19 sont très importantes à ce titre.

Marie : Quel a été l’impact de la vaccination sur la pandémie ? A-t-on assisté à un véritable freinage ?

On estime, à ce jour, que plus de 20 millions de vies ont été sauvées grâce à la vaccination. C’est autant que de personnes mortes de la pandémie jusqu’à la fin de l’année 2022. Et, oui, le vaccin a permis de freiner la diffusion du virus. Il n’y a d’ailleurs plus eu de confinements en Europe une fois que les vaccins ont été déployés.

Supposition : S’il n’y avait eu aucun vaccin ni aucun confinement, que se serait-il réellement passé ?

Compte tenu des caractéristiques du virus (nombre de reproductions autour de 3), et une létalité à 0,7 %, 90 % de la population aurait été infectée et nous aurions eu 600 000 morts (il y en a eu 170 000). Ce calcul reste très théorique. Dès que la population aurait vu à la télévision les images des hôpitaux saturés, elle aurait réagi d’elle-même et les personnes auraient réduit leurs contacts d’une façon ou d’une autre. Mais avec des pertes humaines importantes et évitables.

ThreeRavens : A-t-on progressé dans la connaissance de l’origine des pandémies depuis le Covid-19 pour mieux les anticiper ? Le fait que nombre de pandémies sont des zoonoses a-t-il des conséquences du point de vue de la recherche et des politiques publiques ? Prend-on par exemple en considération les mœurs alimentaires des populations, la concentration des élevages, etc.

La plupart des pandémies sont dues à des virus d’origine animale. Il vaut donc mieux contrôler les points de passage de ces virus vers l’homme. Il s’agit des contacts avec les animaux sauvages, et là la chasse des grands primates en Afrique centrale et les marchés d’animaux sauvages en Asie sont de grands pourvoyeurs de nouveaux virus.

Il faudrait trouver des activités de substitution à ces pratiques très dangereuses pour nous. La déforestation joue aussi un rôle important en déplaçant les chauves-souris, elles-mêmes réservoirs de nombreux virus dangereux pour l’homme. Et il y a les élevages domestiques, notamment les volailles et les porcins, qui nous amènent de nouveaux virus de grippe. Il est très important de mieux surveiller les conditions d’élevage, et la circulation des virus dans ces populations animales et chez les fermiers à leur contact.

Anatole F. : Que le monde médiatique n’en ait pas profité pour partager certaines notions scientifiques et biochimiques élémentaires n’est-il pas l’une des principales faillites qu’on peut constater a posteriori sur cette épidémie dramatique ?

Ce qui est vrai, c’est que la science a été très performante pendant cette crise. Nous avons eu un vaccin en moins d’un an, ce qui était inimaginable en début de crise. Pourtant, le sentiment général est que la confiance en la science est ressortie abîmée de cette crise, du fait notamment de nombreuses controverses qui n’avaient pas lieu d’être.

C’est un de mes regrets au décours de la pandémie. Nous avons raté une occasion unique de montrer comment la science est utile à la société. Mais j’espère qu’avec le recul, une fois les polémiques passées, le public reprendra confiance dans la science, ce d’autant que nous aurons grandement besoin de cette confiance si une nouvelle crise survient. Mais peut-être suis-je un peu pessimiste sur mon constat.

Tro2kestions : Quelle est la probabilité qu’une nouvelle pandémie se produise d’ici cinq ou dix ans ? Compte tenu de la pression de l’être humain sur l’environnement, la biodiversité, ce risque est-il plus fort aujourd’hui qu’il ne l’était par le passé ? Doit-on également craindre la propagation de virus anciens qui seraient par exemple gelés dans le permafrost ?

Lola : Risque-t-on, avec le changement climatique en particulier, de voir émerger de nouveaux virus pouvant conduire à une pandémie telle que celle que l’on a connue en 2020 ? Ou d’émergence d’anciens virus ?

Ce qui est clair, c’est qu’il y a une accélération dans l’émergence des maladies infectieuses depuis vingt-cinq ans, comparé aux périodes précédentes. La fin du XX^e siècle a été marquée par le VIH-sida (pandémie majeure) et Ebola.

Depuis le début du XXI^e siècle, nous avons connu trois nouveaux bétacoronavirus (SRAS, MERS, Covid-19), la grippe A (H1N1), Ebola en Afrique de l’Ouest, Zika et mpox. Ceci est lié à une augmentation des contacts avec la faune sauvage, favorisée par la déforestation et les marchés d’animaux, et des conditions d’élevage avec des concentrations très élevées d’animaux dans les élevages industriels favorisant les échanges de nouveaux virus.

S’y ajoute l’augmentation des populations de vecteurs (moustiques Aedes notamment) du fait du réchauffement climatique. On a connu l’année dernière une épidémie de dengue sans commune mesure avec celles des années précédentes au Brésil. Nous devons donc nous attaquer à ces causes d’émergence, notamment en luttant contre le réchauffement climatique, la déforestation, les marchés d’animaux sauvages, et en repensant l’élevage domestique industriel, et continuer nos efforts de préparation aux pandémies. Pour le permafrost, le risque théorique existe, mais les conditions d’émergence citées plus haut me paraissent plus immédiates.

G. : Le virus du Covid-19 actuellement en circulation n’est-il vraiment pas plus dangereux qu’une grippe classique ?

Pour la première fois cet hiver, il semblerait que la grippe saisonnière ait tué plus que le Covid-19. Il ne faut pas oublier cependant que le SARS-CoV-2 continue de muter, et que certaines populations (les plus âgés, les personnes avec comorbidités et les immunodéprimés) restent toujours très vulnérables. Le SARS-CoV-2 circule également toute l’année, à la différence de la grippe, qui est essentiellement hivernale. Mais on peut penser qu’il n’y aura plus d’émergence d’un nouveau mutant du SARS-CoV-2 qui mette à nouveau en péril notre système hospitalier, et qu’il est en train de rentrer progressivement dans le rang.

Dacron : Où en est-on quant à l’origine de cette pandémie ?

Papachon : Avez-vous de nouvelles informations sur l’origine de la pandémie en Chine ?

Non, rien de nouveau. Ce qui est avéré pour la communauté scientifique, c’est que le virus a circulé dans le marché Huanan de Wuhan. Plusieurs prélèvements y ont été retrouvés positifs, les deux tiers des premiers patients avaient eu des contacts avec le marché, et on y a retrouvé la trace « génétique » d’animaux susceptibles d’être infectés par le SARS-CoV-2, comme les chiens viverrins.

Ce que l’on ne sait pas, et qu’on ne saura probablement jamais, c’est si le virus est sorti accidentellement du laboratoire de Wuhan (WIV) qui travaillait sur des coronavirus de chauves-souris avant d’arriver dans le marché. A titre personnel, je penche plus pour l’origine naturelle au sein du marché, car elle se suffit à elle-même et elle est bien documentée.

Patrick Z. : Pourquoi le virus, catastrophique lors de la pandémie, est-il considéré actuellement comme une sorte de grippe ? Nous n’avons pas plus de traitements mis à part le vaccin en prévention et pourtant les malades ne sont plus confinés, etc.

On pense aujourd’hui qu’Omicron est aussi virulent que le virus d’origine. D’ailleurs, quand il est arrivé à Hongkong en mars 2022, dans une population non immunisée (la stratégie zéro Covid avait empêché la circulation du virus et la population des plus de 80 ans avait été mal vaccinée – seulement 10 % avaient reçu le vaccin), le pic épidémique a été extrêmement violent, du même ordre de grandeur que celui de Londres ou New York au début de la pandémie.

Ce qui fait qu’aujourd’hui le virus apparaît moins virulent, c’est que la population a été immunisée de façon répétée, soit par vaccin, soit par infection naturelle. Notez que la Nouvelle-Zélande, qui avait également pratiqué le zéro Covid en profitant de sa situation insulaire, a très bien vacciné avant l’arrivée d’Omicron, et ainsi l’impact du variant a été très faible.

Malade covid long : L’épidémie de Covid-19 a montré que, au-delà des décès qui surviennent lors de la phase aiguë de la maladie, certains patients développent un syndrome post-infectieux grave et invalidant (Covid long). Malgré sa sévérité potentielle, il ne semble y avoir aucune statistique nationale quant à l’incidence de ce syndrome. Où en est la prise de conscience de son impact pour la santé publique ?

Les seules statistiques que je connaisse pour la France sont issues de l’enquête de Santé publique France de la fin de 2022 qui estimait à 4 % la proportion de la population adulte qui souffrait de Covid long. La bonne nouvelle, c’est que les symptômes tendent à s’atténuer avec le temps. Et le risque de Covid long est plus faible chez les personnes infectées aujourd’hui comparé à celles qui ont été infectées en début d’épidémie, alors que la population n’avait pas d’immunité.

Mais la question des conséquences à long terme du Covid long reste entière, et il est très important que la communauté scientifique continue ses efforts pour aider les populations qui en souffrent aujourd’hui et bénéficie des moyens nécessaires pour effectuer ses recherches.